Sur windows, souvent les fins de ligne ont un mauvais carriage return. Pour nettoyer tout cela:

:1,$s/CTRL-V CTRL-M//g (maintenir la touche CTRL appuyée)

NB: pour chercher des fichiers contenant ^M:
grep CTRL-V CTRL-M
si ça marche pas il faut changer les settings avec:
stty -a